Krutthuset er bygt i 1779 og oppført yttarst i verftsområdet. Frem til 1980-talet blei Krutthuset brukt som ammunisjonslager. Det har seinare blitt brukt til mellom anna kunstutstillingar. I 2006 blei det sett i gong rehabilitering av Krutthuset, men arbeidet vart mellombels stoppa i 2007.
”Eg er glad for at rehabiliteringa av Krutthuset no vert ferdigstilt slik at bygningen igjen kan stå fram i god stand og nyttes til kulturverksemd”, seier forsvarsminister Grete Faremo.
Prosjektet inneheld blant anna utbetring av mur og fuger, ny belysning, skifte av taktekking og terrengarbeid. Både eksteriør og interiør er i verneklasse 1, dvs. svært høg verneverdi. Løysingar og val av materialar i prosjektet er godkjent av Riksantikvaren. Fredriksvern Verft blir forvalta av Forsvarsbygg ved Nasjonale Festningsverk. Prosjektet er i samsvar med gjeldande planar for utnytting og etterbruk av Fredriksvern Verft. Planen er at rehabiliteringa vert ferdigstilt i løpet av hausten 2012.