Vardøhus festning er idag primært et musealt anlegg, men virker også som flagg- og saluttstasjon for Sjøforsvaret. Den er bemannet med kommandant, vedlikeholdsleder og menige soldater.
Sivile brukere
Etter avtale åpner kommandanten sin bolig for representasjon av militære avdelinger, kommunen og andre sivile myndigheter/organisasjoner knyttet til landsdelen. Kommandanten er alltid til stede ved slike anledninger.
Vardøhus Festnings Venner
Venneforeningen ble opprettet i 1986 og skal etter sitt formål «virke for og øke kunnskapen og forståelsen for Vardøhus festnings statspolitiske og kulturelle betydning for Finnmark og landet forøvrig. Foreningen skal virke for øket forståelse hos landets myndigheter for festningens bevaring og vedlikehold. (...) Videre vil foreningen medvirke til innsamlinger og ulik virksomhet som kan danne grunnlag for bidrag til festningen.» (§ 2) Foreningen disponerer Kystvernbrakka og ett rom i Slaveriet til egne formål.
Kulturelle aktiviteter
Vardøhus festnings venner arrangerer omvisninger på festningen etter avtale når været tillater det. Besøkstallet er meget høyt, og viser en stigende tendens.
I noen grad brukes også festningsområdet til kulturaktiviteter. Til denne kategori må regnes yukigassen-turneringen, avholdt på festningens forterreng siden 2001. yukigassen er en japansk variant av snøballkrig som raskt er blitt populær i Finnmark. Turneringen på festningen har blitt en årviss begivenhet. Mindre regulært åpnes også kommandantboligen for spesielle kulturaktiviteter som bl.a. kammerkonserter.
Som saluttstasjon viderefører festningen en lang tradisjon. Det skytes salutt ved offisielle anledninger samt ved solens tilbakekomst i januar. Det blir også skutt salutt ved spesielle anledninger.
Kommandanten ønsker å la barna i Vardø møte festningen, bl.a. ved hver høst og vår å invitere barnehagebarna til å være med å pakke ut og inn rognetreet utenfor kommandantboligen.