Batterie Trondenes ble etablert som ett av to tunge kystfort som skulle beskytte innseilingen til den viktige havnebyen Narvik. Søsterbatteriet på Engeløya (Fort Dietl) i Steigen skulle dekke innseilingen gjennom Vestfjorden, mens batteriet på Trondenes kontrollerte innseilingen fra nord.
Kanonene var konstruert for tyske slagskip av klasse H. Kanonene, med en kaliber på 40,6 cm, var bygget for montering i tvillingtårn. Etter krigsutbruddet ble byggingen av skipene stoppet og det som var bygget hugget opp. Kanonene ble frigitt til andre formål. De tre første ble satt opp på Hela ved Danzig. Batteriet på Hela ble i 1942 flyttet til Calais.
Før kapitulasjonen hadde de allierte styrkene etablert stillinger for luftvernkanoner på åsryggen ovenfor Trondenes kirke, hvor 40,6 cm-batteriet senere skulle komme til å stå. Et batteri bestående av tre engelske 9,4 cm luftvernkanoner ble overtatt av tyskerne. For øvrig var det relativt liten militær aktivitet i Harstad i de første krigsårene bortsett fra rekognosering av tyske myndigheter.
Hovedbatteriet på Trondenes ble påbegynt i 1942. I løpet av våren og sommeren hadde det funnet sted forberedende arbeider som veier og kai. Under byggingen ble det satt opp dekningsbatteri på Kråkenes. Sør for kirken bygget man en spesiell kai med kran for lossing av de tunge delene. Kaien er fortsatt i bruk, men landingssystemet for prammene ble fjernet etter krigen. Delene ble fraktet på vei til batteriområdet.
Batteriet på Trondenes som hadde dekknavnet Batterie Theo under byggeperioden, var operativt med tre kanoner i mai 1943, mens den siste sto klar i august samme år. For å tilfredsstille Hitlers krav om skyteklare kanoner, ble prøveskytingen gjort før bunkersanlegg og kanonbrønn var ferdig. På Engeløya sto to kanoner klare i august mens den tredje var ferdig i januar 1944. Arbeidene fortsatte på begge batteriene helt frem til kapitulasjonen.
Kanonene fikk tilnavnet Adolf-kanoner etter én av granattypene som ble brukt. Kanonrøret var 20,3 m langt og granaten veide 1030 kg. Skuddvidde med standardgranat var ca. 43 000 m, mens man med en lettere granat på 600 kg kunne skyte opp mot 56 000 m. Totalt ble det laget 19 stk. av denne kanontypen, av disse er det kun de fire på Trondenes som er igjen.
Fortet hadde en oppsetning på minst ett kompani for sikring av kanonene. Disse måtte da ha egne brakker og forsvarsstillinger. Brakker ble bygd både på Kråkenes og innenfor dagens leirområde. Ved kanonene ble det bygget flere nærforsvarsstillinger som fremdeles er synlige på det tett bevokste området. Brakkene er for det meste enten revet eller ombygd. I tillegg til hovedbatteriet hadde fortet også et batteri med 88 mm luftvernkanoner og et dekningsbatteri med 17 cm kanoner. Luftvernbatteriet ligger nordvest for hovedbatteriet, mens dekningsbatteriet sto på Kråkenes.
Grovarbeidet ble også på Trondenes gjort av krigsfanger, for det meste russere. Leiren lå like nord for Trondenes kirke. De mange fangene som døde eller ble drept ble gravlagt mellom leiren og kirkegården. I 1953 ble levningene tatt opp og flyttet til samlekirkegården på Tjøtta. Forholdene på Trondenes var som i tilsvarende leire: Lange arbeidsdager, hardt fysisk arbeid, mangel på mat og klær og enkle brakker som ikke holdt kulda ute. Sadisme og straffelyst fikk utløp her som andre steder. Enkelte kilder opplyser at 800 russere døde på Trondenes i løpet av okkupasjonen.
En rekke personer var blitt fordrevet fra området som okkupasjonsmakten rekvirerte i forbindelse med etableringen av fortet. Oppsitterne på Ringberget og presten ved Trondenes kirke flyttet tilbake til sine eiendommer høsten 1945. Året etter startet arbeidet med erstatning og fastsettelse av leie til grunneierne. Totalt var det beslaglagt ca. 1700 da., hvorav ca. 1100 fra prestegården. Arbeidet med grunnerverv kom i gang i 1953. Dette var ikke ferdig før i 1958 da Forsvarsdepartementet betalte 250. 00 kr til Kirkedepartementet for ca. 1300 da.
Kystartilleriet overtok Trondenesområdet 14. juli 1946. Trondenes ble etter dette standkvarter og øvingsplass for kystartilleriet i Nord-Norge. 40,6 cm-batteriet tatt inn i K.Brig Nord sin mobiliseringsoppsetning i 1951. Det ble foretatt flere fullkaliber prøveskytninger med to av kanonene frem til 1957. På grunn av dårlig standard på de ekstyske brakkene og større aktivitet på fortet, ble det oppført en rekke nye bygninger i årene 1951–54. Kommandoplass for 88 mm -atteriet var ikke ferdig ved overtakelsen. Denne ble fullført i 1951. I 1952 ble det etablert 10,5 cm-batteri på bl.a. på Ringberget og Russeneset.
Forsvarsdepartementet foreslo å nedlegge 40,6 cm batteriet i 1958. Militærkomiteen og Stortinget ga sin tilslutning. To av kanonene ble tatt ut av mobiliseringsplanene samme år, mens man besluttet å avvente nedleggelsen av de to øvrige kanonene. All instrumentering i kommandoplassen ble demontert i 1961 for å gi plass til nytt materiell, og kanonene ble stående uten vedlikehold. Nedleggingsvedtaket ble iverksatt først i 1964 etter at Grøtavær fort var beredskapsoppsatt.
Inventarkart av Trondenes fort som viser fortsområdets utstrekning. Kart: FB.
I 1962 ble det besluttet å avhende 17 cm batteriet på Kråkenes. Kanonene ble i 1966 byttet ut med 10,5 cm kanoner i paddeskall.
I 1965 varslet Forsvarsdepartementet at én 40,6 cm-kanon var ønsket i Tyskland og at det også fra kanadisk hold var kommet henvendelser om overtakelse av kanoner. Samtidig tok flere offiserer ved HSD initiativ til at kanon I ikke ble fjernet, men at den fremdeles skulle få vedlikehold og bli stående som et musealt objekt for ettertiden. Forsvarsdepartementet meddelte i 1968 at én av kanonene skulle beholdes, mens de tre øvrige skulle avhendes som skrap.
I 1977 anbefalte Forsvarets bedømmelseskommisjon at en eller to kanoner ble bevart som museale objekt. Året etter godkjente Forsvarsdepartementet at det skulle stilles midler til rådighet for full restaurering av kanon I – «Barbara». Arbeidet pågikk i årene 1978–82. De øvrige kanonene ble sandblåst og malt i 1991.
I 1980 ble et nytt øvingssenter for Harstad Sjøforsvarsdistrikt besluttet opprettet. Samtidig vedtok man at Befalsskolen for Infanteriet (BSIN) skulle forlegges til Trondenes. Øvingssenteret ble formelt etablert sommeren 1987, mens utbyggingen fortsatte frem til 1994. I 1993 vedtok Stortinget at Harstad (og Narvik) Sjøforsvarsdistrikt skulle legges ned, og at det skulle opprettes et nytt Hålogaland Sjøforsvarsdistrikt med standkvarter i Lødingen. Harstad hadde da fungert som kystartillerihovedkvarter for Nord-Norge i 48 år.