Hovedprinsippet for vern er at områdets karakter og historiske verdi skal bevares. Det betyr at verdifulle elementer primært skal vedlikeholdes og om nødvendig repareres, ikke endres. Men der elementer er endret slik at disse verdiene er blitt forringet eller utydeliggjort, kan det være ønskelig å tilbakeføre eller forsterke kulturhistoriske kvaliteter.
Motsatt kan deler av kulturmiljøet tåle endring på grunn av funksjonelle eller andre forhold, uten at kulturhistoriske verdier nødvendigvis går tapt. Hensikten med verneplanen er ikke å «legge lokk» på all forandring. Vardøhus' antikvariske verdier må imidlertid hele tiden være utgangspunktet for beslutninger vedrørende skjøtsel. Selv små inngrep vil over tid kunne endre områdets preg betydelig, og slik forringe dets kulturhistoriske verdi. Det vil også være en fare for at kulturhistoriske spor går tapt, spor som kan være vanskelige å skille fra mindre vesentlige elementer.
Skjøtsel og vedlikehold bør derfor skje etter en plan, slik at tilfeldigheter og uheldige løsninger unngås. Verneplanen er premissgiveren for mer detaljerte arbeider. Det understrekes at planer ikke er et mål i seg selv, men et hjelpemiddel for å sikre en god forvaltning. Planer kan derfor være tematisk avgrenset, f.eks. m.h.t. vegetasjon, eller ta for seg et delområde hvor tiltak eller særlige hensyn er påkrevet. Et tilstrekkelig plan- og prosjekteringsarbeid vil gjøre antikvariske myndigheter i stand til å treffe riktige beslutninger. Det er vesentlig å dokumentere endringsprosesser for å sikre at kunnskap om tidligere tilstand ikke går tapt.