Eiendomsforvaltningen på festningen er delt mellom Forsvarsbygg og Statsbygg, der Statsbygg har ansvaret for Håkonshallen, Rosenkrantztårnet, Portkastellet m/ Jørgen Hanssøns ringmur og Stallbygningen. Forsvarsbygg har ansvaret for den øvrige bygningsmassen inkludert festningsverk og infrastruktur både på Holmen, Koengen og Sverresborg. I tillegg har Forsvarsbygg ansvaret for alle utearealer inkludert ruinene listet opp under «Bygninger og anlegg».
I henhold til Forsvarsbyggs rutiner fungerer Faggruppe Kulturminne i Forsvarsbyggs miljøseksjon som rådgivende instans og som bindeledd opp mot antikvariske myndigheter ved tiltak vernete bygninger og anlegg. På bakgrunn av festningenes statlige eierskap er Riksantikvaren antikvarisk myndighet for anlegget.