Hovedprinsippet for vern er at områdets karakter og historiske verdi skal bevares. Det betyr at verdifulle elementer primært skal vedlikeholdes og om nødvendig repareres, ikke endres. Verdifulle elementer innen området kan imidlertid være endret slik at disse verdiene er blitt forringet eller utydeliggjort. Her kan det være ønskelig å tilbakeføre eller forsterke kulturhistoriske kvaliteter. Likeledes kan deler av kulturmiljøet tåle endring på grunn av funksjonelle eller andre forhold, uten at kulturhistoriske verdier nødvendigvis går tapt. Ved tilbakeføringer eller forsterkning av kulturhistoriske verdier, skal dette gjøres på en slikt måte at det ikke reduseres områdets viktighet for biologisk mangfold.
Hensikten med verneplanen er derfor ikke å «legge lokk» på all forandring. Fredrikstad festnings antikvariske verdier må imidlertid hele tiden være utgangspunktet for beslutninger vedrørende skjøtsel. Selv små inngrep vil over tid kunne endre områdets preg, og slik forringe dets kulturhistoriske verdi. Det vil også være en fare for at kulturhistoriske spor går tapt, spor som kan være vanskelige å skille fra mindre vesentlige elementer.
Verneplanen er premissgiveren for mer detaljerte arbeider. Det understrekes at planer ikke er et mål i seg selv, men et hjelpemiddel til å sikre en god forvaltning. Planer kan derfor være tematisk avgrenset, f.eks. m.h.t. vegetasjon, eller ta for seg et delområde hvor tiltak eller særlige hensyn er påkrevet. Et tilstrekkelig plan- og prosjekteringsarbeid vil gjøre forvaltende og antikvariske myndigheter i stand til å treffe riktige beslutninger. Endringsprosesser må dokumenteres for å sikre at kunnskaper om tidligere tilstand ikke går tapt.