Karljohansvern eies av Staten ved Forsvarsdepartementet. Departementet har dermed det overordnede forvaltningsansvaret, med Forsvarsbygg som utførende forvaltningsorgan.
Sammen med den lokale drifts- og vedlikeholdsavdelingen, tar FB initiativ til nødvendige utbedringsarbeider. Et unntak gjelder bygninger som er leid ut til eksterne brukere. Her gjelder generelt at bruker har vedlikeholdsansvaret. I nye og reforhandlede avtaler blir det tatt inn en passus om at alle planer skal forelegges Forsvarsbygg for godkjenning.
Etter at Landsverneplanen ble godkjent av Forsvarsdepartementet i 2002 er praksis at alle tiltak utover vanlig vedlikehold skal forelegges Forsvarsbygg, divisjon Rådgiving, Seksjon miljø- og kulturminnevern (MIKU) for godkjennelse. For inventar i klasse 1 skal i Riksantikvarens (RA) godkjennelse innhentes. MIKU er kontaktledd mot RA og generell rådgiver vedrørende alle vedlikeholds- og restaureringsspørsmål på Forsvarets verneverdige bygninger og anlegg.
Se forøvrig Saksbehandlingsrutiner.
Kassasjonssaker (avhending/salg eller riving) blir behandlet av Forsvarsbygg. I saker der særlige hensyn kommer inn, konsulterer Riksantikvaren og Forsvarsmuseet for en eventuell samlet vurdering. Formålet er å ivareta forpliktelsene i Statens avhendingsreglement, sikre at bestemmelsene i Landsverneplanen blir overholdt samt fange opp verneobjekter som tidligere ikke er vurdert.
For Nasjonale festningsverk gjelder egne bestemmelser. De skal i utgangspunktet beholdes samlet i Forsvarets eie til fremtidig forvaltningsording for Statens kulturhistoriske eiendommer er avklart.
Salg av enkeltbygninger eller delområder skal kun skje etter særlig vurdering og etter godkjennelse fra Forsvarsdepartementet og Riksantikvaren.
Seilskutetid: En stor mastekran var planlagt oppført på Masteberget i sundet mellom Mellomøya og Østøya. Anlegget skulle effektivisere arbeidet med å heise på plass master på de militære seilskutene, bygget ved verftet. På toppen av det bratte berget er det spor av oppmuringer, antagelig etter en enklere utrigger, men den store mastekranen som ble tegnet i 1840 ble antagelig aldri realisert. Få år senere begynte overgangen til motoriserte militære skip. Avfotografert tegning i Forsvarsbyggs lokaler.
Plan og bygningsloven (PBL)
I tillegg til overnevnte saksbehandlingsrutiner skal alle søknadspliktige tiltak etter PBL godkjennes separat i den angjeldende kommune. Søknaden skal alltid inneholde kopi av RAs godkjennelsesbrev for klasse 1 eller Forsvarsbyggs interne godkjennelse for klasse 2.