Når Vardøhus idag fremstår som et relativt intakt anlegg, der flere av bygningene er lite endret siden opphavstiden, ligger flere forhold til grunn. Gjennom sin operative periode ble festningen sjelden tilgodesett med bevilgninger, noe som reduserte endringstakten. Under den lange perioden festningen har hatt liten eller ingen operativ betydning har mye av grunnlaget for endringer forsvunnet. Videre erkjente Forsvaret tidlig festningens verdi som historisk monument. I en artikkel i Fortidsminneforeningens årbok for 1975 berømmes Forsvaret for at Vardøhus fremstår som «et av de best vedlikeholdte fortidsminner i landet» (Myklebust 1975).
Formelt har festningen vært administrativt fredet siden 1928.1 Vernet omfattet dengang foruten selve festningsanlegget med murer og voller følgende bygninger innenfor murene: 0001 Portbygningen, 0002 Corps de guarde (dengang benevnt vakt- og sersjantbolig), 0003 Kommandantboligen, 0006 Krutthuset, 0008 Magasinet, 0009 Slaveriet og 0010 Brønnhuset. Utenfor murene var legeboligen, løytnantsboligen, Krutthuset i Engelsviken og 0020 Kystvernbrakken fredet (FMF 1933).
Da listen så ble oppdatert i 1958 kom den til å omfatte samtlige bygninger innenfor murene på ett unntak nær (kommandantens uthusbygning), foruten en serie bygninger innenfor den tradisjonelle garnisonen: inv.nr. 0012 Verkstedbygningen, daværende inv.nr. 0014 Løytnantboligen (revet på 1960-tallet), 0017 Redskapshuset, 0018 Materialhuset, 0019 Sersjantboligen og 0020 Kystvernbrakken. Utenfor garnisonen omfattet vernet også daværende inv.nr. 0022 Skipperbrakken, som imidlertid ble revet i 1968; daværende inv.nr. 0023 Krutthuset i Engelsviken (nå 0014),2 foruten 0024 Gamme nr. 1 på Reinøya [«Trygga»] og 0025 Gamme nr. 2 på Reinøya [«Hygga»].3 Dette utvalget ble stadfestet i og med landsverneplanen. Unntakene var løytnantsboligen, skipperbrakken og 0014 Krutthuset i Engelsviken, da landsverneplanen forelå ferdig var det ikke kjent at sistnevnte fortsatt var i Forsvarets eie.
Fra Napoleons tid. Skipperbrakken, her i flagg- og guirlanderprydet utgave med sersjant Ole Flaade sittende på taket, er en av totalt tre administrativt fredede bygninger tilhørende Vardøhus som er blitt revet i etterkrigstiden. Bygningen var oppført under napoleonskrigene og hadde bygningsteknisk mye til felles med 0020 Kystvernbrakken. Foto: Vardømuseene.
Hele tre bygninger som på et tidspunkt har vært fredet er blitt revet på Vardøhus. Legeboligen hadde fredningsstatus i 1928, men finnes ikke på 1958-listen; løytnantsboligen er fredet begge ganger, mens skipperbrakken først fikk fredningsstatus i 1958. Legeboligen synes å være den eneste av disse som ble revet med Riksantikvarens aksept, dette skjedde i 1961 (FMF 1960, FMF 1962). I denne sammenheng er det en viss trøst i å konstatere at det fredede 0014 krutthuset i Engelsviken (nevnt både 1928 og 1958) fortsatt står, til tross for at Sjøforsvarets stab i 1988 hevdet at det ikke var fredet, at det var skjemmende for miljøet og derfor burde fjernes (Statusrapport 1988).
I landsverneplanens utvalg opereres det med to verneklasser for bygninger og anlegg samt en egen kategori for vern av spor etter militær virksomhet i landskapet. Verneklasse 1 omfatter inventarer som anses fredningsverdige, og som senere vil bli fredet etter kulturminneloven. Riksantikvaren skal, både før og etter at fredningen er gjennomført, godkjenne alle endringer og tiltak som går utover vanlig vedlikehold. For inventarer i verneklasse 2 samt områder vil regulering til spesialområde bevaring være viktig for å sikre verneinteressene på lang sikt. For objekter i klasse 2 gjelder at Nasjonale Festningsverk godkjenner forslag til endringer og tiltak.
Stortingsmelding nr. 54 (1992–93) om nasjonale festningsverk
Vardøhus festning er i stortingsmeldingen om nasjonale festningsverk omtalt som et anlegg med stor nasjonal verdi. Meldingens hovedanliggende er å presentere de av festningsverkene som ligger under Forsvarsdepartementets forvaltningsområde, samt å redegjøre for de miljø- og kulturaktiviteter som finner sted på disse festningene. Meldingen understreker festningsverkenes nasjonale betydning, men innebærer ingen oppgradering av festningenes formelle vern. Betydningen av stortingsmeldingen ligger i at den definerer kulturminneforvaltning som et sektorovergripende ansvar som også Forsvaret må ta sin del av. Forsvarsdepartementet erkjenner videre hovedprinsippet i kulturminneforvaltningen om eieransvar for kulturminner. Samtidig sies det at dagens ordning med militær bruk og militært ansvar for drift og vedlikehold er det beste grunnlaget for en bevaring av de antikvariske verdiene. Departementet foreslår at det utarbeides egne forvaltningsplaner som angir behov for istandsettelse, restaurering, skjøtsel, drift, oppsyn, sikkerhet og informasjon.
Haag-konvensjonen av 1954
Norge har ratifisert Haag-konvensjonen av 1954 som inneholder bestemmelser om beskyttelse av kulturminner i tilfelle væpnet konflikt. En liste over hvilke kulturminner som skal gi spesiell beskyttelse forelå i 1969. Den omfatter bl.a. åtte festningsanlegg. Forsvarsdepartementet går i stortingsmeldingen om nasjonale festningsverk inn for at også Oscarsborg, Vardøhus og Hegra festninger blir vurdert for spesiell beskyttelse i henhold til Haagkonvensjonen.
Reguleringsmessige forhold
Det foreligger ikke motstrid mellom intensjonene med denne verneplanen og gjeldende kommunal regulering. Ifølge «Generalplan for Vardø kommune 1981–1990», som fortsatt er gyldig som kommuneplan, er tomten som omfatter stjernefortet og garnisonen (g.nr. 20 b.nr. 299 samt 20/626) avsatt til spesialområde med formål bevaring. Det samme gjelder området mellom dette arealet og sjøen samt en smal sektor nordvest for festningstomten (mellom 20/299 og 20/302). Tomten der gamlehjemmet ligger er regulert til offentlig område, tomtene nord for gamlehjemmet er regulert som boligområde. Tomten hvor 0014 Krutthuset i Engelsviken ligger (20/127) er eid av Vardø kommune og regulert til friområde i likhet med oppsluttende områder.
Reinøya er fredet som fuglereservat ved kgl. res. av 14. september 1973. Fredningen innebærer bl.a. at alle fuglearter er fredet hele året og at det er forbudt å forstyrre eller ødelegge reir og ta bort egg. Unntatt er festningens rett til å sanke egg av svartbak og gråmåse (Munck 1975).
Øvrige tomter i Forsvarets eie på Vardø er ikke berørt av kulturminneinteresser.
1 Praksisen med administrativ fredning av Statens egne bygninger var hjemlet i «lov um bygningsfreding» av 3. desember 1920. Fredningen omfattet ca. 1100 bygninger som ble navngitt i Fortidsminneforeningens årbøker 1933/34. Også en del forsvarsanlegg ble her belagt med vern, herunder Vardøhus.
2 I det eksemplaret av vernelisten fra 1958 som finnes hos Forsvarsbygg er det for hånd tilføyd: «1958 gått over til Vardø kommune». Dette har ikke latt seg verifisere og ingen avtaledokumenter har latt seg oppspore hverken i Forsvarsbyggs eller Vardø kommunes arkiver. Grunnbokshjemmelen tilhører idag Forsvarsbygg.
3 Gammene på Reinøya hadde på dette tidspunkt andre inv.nr. enn idag; hhv. 0025 «Trygga» (idag nr. 0024) og 0026 «Hygga» (idag nr. 0025).