Hele Inndalen er dominert av granskog, ofte med innslag av bjørk og annen lauvskog. Langs Inna vokser det mye or. Fjellområdene har store innslag av myr i et åpent, avrunda landskap. I Inndalen er det større partier som har gode varmeforhold. Dette gjelder blant annet dalbunnen som stien til Nordre- og Søndre galleri slynger seg gjennom, og området har har svært gode vekstforhold. Dette gjør at mange vekster blir ekstra store. Samme forhold ligger til grunn for at det faktisk er mulig å dyrke korn i fjellbygda Sul lenger opp i dalen.
Det biologiske mangfoldet ved De verdalske befestninger er imidlertid ikke kartlagt. I de nasjonale databaser vedrørende natur- og artsrikdom er det dog registrert noen få opplysninger i eller tilgrensende befestningenes nærmiljø.
Området vest for Seterbekken er av Direktoratet for naturforvaltning omtalt som lokalitet for sørvendte berg og rasmarker, angitt med verdien ”viktig”.3 Det rapporteres samme sted også om innslag av gråor-heggeskog, men uten verdiangivelse av denne.
På østsiden av Inna ved Karl Johans klev er det funnet kadaver etter brunbjørn og i Midtsogndalen etter gaupe.4 Det er elg i hele området. Videre er det påvist livskraftige forekomster av myskegras, ringdue, bittersøte, fingerstarr, skogfiol, fjellfiol, groplav, gubbeskjegg og en rekke andre vekster i egnen.
For noen flere detaljer om naturforholdene ved De verdalske befestninger, se katalog.